Kolmivuotisen II-vaiheen budjetti on vapaaehtostyötä lukuun ottamatta noin 180 000 markkaa eli 30 000 euroa vuodessa. II-vaiheen tavoitteena on tehdä yhtä aikaa kaksi asiaa.
II-vaiheessa siirrytään jo hyvin suoraan kenttäkokeisiin, joiden tarkoituksena on kehittää kuiville alueille soveltuvia monikerroksisen puutarhaviljelyn muotoja. II-vaihe organisoi suuren joukon erilaisia kenttäkokeita, joiden ideana on kokeilla erityyppisiä paikallisten hedelmä- ja pähkinäpuiden, muiden puiden ja muuntyyppisten viljelykasvien yhdistelmiä. Tällä tavoin kerätään tietoja siitä, missä määrin mitkäkin afrikkalaiset hedelmäpuut ja muut kasvit häiritsevät toisiaan.
Ihmiset eivät ikinä suostu noin vain hylkäämään nykyään viljelemiään ruokakasveja, joiden tuottamaan ravintoon he ovat tottuneet, ja korvaamaan niitä afrikkalaisten hedelmä- ja pähkinäpuiden viljelyllä. Tällainen lähestymistapa olisi täysin epärealistinen, mistä syystä projekti pyrkiikin kehittämään viljelymenetelmiä missä paikallisia hedelmä- ja pähkinäpuita ja muunlaisia ruokakasveja viljellään rinnakkain, saman monikerroksisen puutarhaviljelmän erilaisina osakomponentteina. Ennen kuin tämäntyyppisiä viljelyjärjestelmiä aletaan levittää suuremmassa mittakaavassa, on kuitenkin tärkeä ymmärtää se miten eri lajit vaikuttavat toisiinsa. Jos tällaisista seikoista hankitaan lisää ymmärrystä, viljelijöille voidaan kertoa millä tavoin kotipuutarhat pitää suunnitella niin että ne tuottavat parhaan yhteenlasketun sadon.
Tiedot vaikuttavat muun muassa siihen, miten tiheässä tiettyjä puita kannattaa kasvattaa jos niiden välissä viljellään muita ruokakasveja. Liian aikaisin tehty puutteellisesti ymmärrettyjen tuotantomenetelmien laaja levitys kääntyy helposti itseään vastaan: jos lähestymistavassa on virheitä, huonojen neuvojen antaminen tässä vaiheessa tekee myös loppuun asti kehitettyjen menetelmien myöhemmän levittämisen vaikeaksi.
Näiden farming systems research -tyyppisten kokeilujen myötä projektin II-vaihe on samalla käytännössä jo aloittanut neljän projektiin sisältyvän yksikotisen hedelmäpuulajin valikoivan jalostuksen, ensimmäisenä maailmassa.
Näiden farming systems research -tyyppisten kokeilujen myötä projektin II-vaihe on samalla käytännössä jo aloittanut neljän projektiin sisältyvän yksikotisen hedelmäpuulajin valikoivan jalostuksen, ensimmäisenä maailmassa. Kenttäkokeissa käytetyt villiappelsiinin (Strychnos spinosa), marakatinappelsiinin (Strychnos cocculoides), mmilon (Vangueria infausta) ja morutlan (Azanza garckeana) taimet näet kasvatetaan siemenistä, jotka saadaan projektin ykkösvaiheen perustamien pluspuukokoelmien tuottamista hedelmistä. Koska lähistöllä ei ole muita samoihin lajeihin kuuluvia puita, kaikki hedelmät ja niiden tuottamat siemenet ovat syntyneet pluspuiden risteyminä, paitsi silloin kun emikukat ovat hedelmöityneet saman puun hedekukkien siitepölyllä. |
 Villiappelsiinien poimintaa Botswanassa. |
Genetiikan lakien perusteella pluspuuryhmien tuottamasta siemenestä pitäisi siis kasvaa uusia puita, joiden tuottamien hedelmien koko vastaa pääsääntöisesti vähintään emopuiden hedelmien keskikokoa. Tämän lisäksi joidenkin uusien puiden pitäisi tuottaa selvästi isompia hedelmiä ja todennäköisesti samalla myös suurempia satoja kuin yhdenkään emopuun.
Kun nämä osana kenttäkokeita istutetut puut alkavat tuottaa hedelmää, jalostusta voidaan jatkaa valitsemalla kustakin uudesta puuryhmästä kaikkein isoimpia ja parhaita hedelmiä tuottavat puut ja perustamalla uusia, entistä tuottavampia pluspuuryhmiä.
Neljän projektiin sisältyvän yksikotisen puun jalostustyö on jo ikään kuin karannut käsistä sillä Botswanan ja sen naapurimaiden viljelijät ovat innostuneet kyseisten puiden kasvattamisesta ja niiden istuttaminen leviää jo spontaanisti pitkin Eteläistä Afrikkaa. Samalla kun viljelijät istuttavat näitä puita puutarhoihinsa ja peltojensa keskelle, he jalostavat niistä ikään kuin vahingossa yhä uusia lajikkeita ja kantoja. Samalla tavalla ovat aikoinaan syntyneet myös Suomen tuhannet paikalliset omenan maatiaislajikkeet.
Kenttäkokeissa käytettävät marula- ja mongongopuiden taimet ovat luonnosta löydetyistä pluspuista otettuja vartteita. Näiden puiden kohdalla jalostuksessa ei vielä ole päästy pidemmälle sen takia, että molemmat lajit ovat kaksikotisia. Kaksikotisuus vaikeuttaa jalostusta suuresti. Emipuissa on hedelmiä, joista voidaan päätellä suurin piirtein millä tavoin puun sisältämät geenit vaikuttaisivat hedelmien kokoon ja laatuun. Mutta jos hedekukat ovat eri puissa, ei ole mitään helppoa keinoa nähdä millaisia hedelmien laatuun ja kokoon vaikuttavia ominaisuuksia kukin hedepuu sisältää.